Phần lớn địa bàn thị trấn Chi Nê hiện nay trước đây là xã Lạc Long thuộc huyện Lạc Thủy.

Thị trấn Chi Nê được thành lập vào ngày 26 tháng 12 năm 1990 trên cơ sở điều chỉnh 444,5 ha diện tích tự nhiên của xã Lạc Long và 93 ha diện tích tự nhiên của xã Đồng Tâm.

Trước khi sáp nhập, thị trấn Chi Nê có diện tích 6,33 km², dân số là 6.084 người, mật độ dân số đạt 961 người/km². Xã Lạc Long có diện tích 8,49 km², dân số là 1.659 người, mật độ dân số đạt 195 người/km².

Ngày 17 tháng 12 năm 2019, Ủy ban Thường vụ Quốc hội ban hành Nghị quyết số 830/NQ-UBTVQH14 về việc sắp xếp các đơn vị hành chính cấp huyện, cấp xã thuộc tỉnh Hòa Bình (nghị quyết có hiệu lực từ ngày 1 tháng 1 năm 2020)[3]. Theo đó, sáp nhập toàn bộ diện tích và dân số của xã Lạc Long vào thị trấn Chi Nê.